AgroÓmica

Ómicas: metabarcoding y limpieza de datos

Análisis bioinformático de datos de secuenciación masiva para laboratorios de sanidad vegetal, departamentos de I+D y grupos de investigación sin un equipo propio de análisis. En AgroÓmica cubrimos todo el proceso, desde las secuencias crudas hasta la interpretación de los resultados.

Servicios complementarios (a pedido)

Los análisis empleados ya se han aplicado caracterizando las comunidades fúngicas del aguacate ‘Hass’ (Phytobiomes Journal, 2023) y analizando la expresión diferencial en el chancro resinoso del pino (Plant Disease, 2025).

Nota: con los servicios contratados obtendrá un reporte final que consolida los métodos y resultados de cada análisis (PDF), además de las visualizaciones (PDF) y las tablas (TSV), que se entregan como archivos por separado.

Para más detalle ver Términos y condiciones.

Metabarcoding: análisis de poblaciones microbianas

Análisis de poblaciones microbianas por metabarcoding con marcadores (16S rRNA para bacterias y arqueas, ITS para hongos).

Análisis de metabarcoding

Usted aporta: lo mismo que en la inferencia de ASVs, más:

  • Metadatos del diseño experimental (TSV), con por lo menos 3 réplicas biológicas por condición.

Usted recibe: todo lo de la inferencia de ASVs, más:

  • Árbol filogenético, si aplica (Newick).
  • Índices de diversidad alfa por muestra: Shannon, Simpson y ASVs observados (TSV).
  • Significancia estadística entre grupos: Kruskal-Wallis y Wilcoxon (TSV).
  • Curvas de rarefacción (PDF).
  • Matrices de distancia: Bray-Curtis y Jaccard, más UniFrac weighted y unweighted cuando el marcador admite un árbol filogenético fiable (TSV).
  • Gráfico de ordenación PCoA (PDF).
  • Tabla de significancia PERMANOVA y tabla de dispersión intragrupo (betadisper), que se interpretan juntas (TSV).
  • Tabla de taxones diferenciales entre condiciones, con log fold-change y p-value ajustado (TSV), y sus gráficos (PDF).
  • Reporte consolidado único (PDF), con todo el análisis.
Método y herramientas del análisis de metabarcoding
  • Todos los pasos de la inferencia de ASVs, del control de calidad al perfil de composición taxonómica
  • Construcción de árbol filogenético, solo si el marcador lo permite — MAFFT, FastTree
  • Estimación de índices de diversidad alfa con pruebas de significancia: Shannon, Simpson y ASVs observados, con Kruskal-Wallis y Wilcoxon
  • Construcción de curvas de rarefacción
  • Estimación de índices de diversidad beta con pruebas de significancia: matrices de distancia*, ordenación PCoA, PERMANOVA y prueba de homogeneidad de dispersión (betadisper)
  • Análisis de abundancia diferencial — ANCOM-BC

* Las métricas de diversidad filogenética (UniFrac) y las curvas de rarefacción basadas en el árbol requieren un árbol fiable, y eso depende del marcador. En 16S el gen es alineable entre taxones distantes y el árbol es informativo. En ITS no lo es: la región es hipervariable y no se alinea de forma fiable entre hongos lejanos, así que en esos estudios la diversidad beta se estima con Bray-Curtis y Jaccard, sin UniFrac.

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Inferencia de ASVs, asignación taxonómica y tablas de conteo

Usted aporta:

  • Secuencias crudas: el preprocesamiento va incluido (FASTQ).
  • Secuencias de los primers usados.
  • Controles negativos secuenciados: blancos de extracción y PCR, para el control de contaminación cruzada.
  • Qué organismo busca y de qué matriz salió la muestra, incluido el hospedero si es tejido o rizosfera de una planta.

Usted recibe:

  • Tablas de conteo curadas, normalizadas y sin normalizar, con los ASV de cada muestra y sus abundancias (TSV).
  • Tabla de conteo cruda, sin curar, como material de trazabilidad (TSV).
  • Tablas de asignación taxonómica (TSV).
  • Reporte de las lecturas no objetivo eliminadas en cada muestra, cuando el estudio lo requiere (TSV).
  • Listado de secuencias representativas (FASTA).
  • Gráfico de composición taxonómica por muestra, con la fracción sin asignar visible (PDF), y su tabla de porcentajes (TSV).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas de la inferencia de ASVs
  • Control de calidad de las secuencias — FastQC / MultiQC
  • Remoción de primers — cutadapt
  • Filtrado y trimming por calidad — DADA2 (filterAndTrim)
  • Inferencia de ASVs (denoising) y construcción de tablas de conteos con abundancias — DADA2
  • Asignación taxonómica contra bases curadas: UNITE para ITS en hongos, SILVA para 16S en bacterias y arqueas
  • Curación de tablas de conteo, incluido el control de contaminación cruzada contra los controles negativos — decontam
  • Remoción de secuencias no relevantes para la comunidad estudiada —el hospedero en muestras vegetales, cloroplasto y mitocondria en 16S— en función de la asignación taxonómica, lo cual se define para cada estudio
  • Normalización de la profundidad de secuenciación de la tabla curada por rarefacción — phyloseq (rarefy_even_depth). La profundidad se define para cada estudio
  • Perfil de composición taxonómica — gráfico de barras apiladas de abundancia relativa por muestra, para el nivel taxonómico más apropiado según el estudio

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Profundidad recomendada: de 10.000 a 20.000 lecturas por muestra para muestras poco diversas (p. ej., lesión en la planta); de 30.000 a 50.000 en muestras complejas (p. ej., filosfera y rizosfera); de 50.000 a 100.000 en muestras de alta diversidad (p. ej., suelo, compost, agua). Considerar que, en caso de muestras con profundidades dispares, la comparación se hace al nivel de la muestra con menor profundidad (Shirazi et al., 2021; Tedersoo et al., 2022).

Precio y tiempos de entrega: los costes y tiempos de entrega se evalúan caso a caso. Sin embargo, en nuestra experiencia, estudios estándar con hasta 24 muestras tienen tiempos de entrega cercanos a las 2 semanas con costes desde 5.400.000 COP (aprox. 1.545 €).

Servicios complementarios

Servicios adicionales que pueden pedirse de manera independiente o como complemento de los anteriores. Algunos van además incluidos en los servicios del portafolio.

Preprocesamiento de datos

Control de calidad y limpieza de las secuencias crudas. Va incluido en todo servicio que parta de secuencias crudas, sin embargo también puede ser contratado de manera independiente.

Usted aporta:

  • Secuencias crudas del secuenciador, sin procesar (FASTQ).

Usted recibe:

  • Secuencias limpias (FASTQ).
  • Estadísticas del proceso (TSV/reporte).
  • Visualizaciones (PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).

Las herramientas dependen de la plataforma de secuenciación y del análisis al que van destinadas las secuencias: el detalle está en el método de cada servicio.

Precio: desde 900.000 COP (aprox. 260 €) hasta 12 muestras, más 90.000 COP (aprox. 25 €) por muestra adicional.

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Asesorías
  • Asesoría en diseño experimental: Acompañamiento previo a la secuenciación para definir los alcances (objetivos y limitaciones) y criterios técnicos (número de réplicas biológicas, controles, plataforma y profundidad de secuenciación) que mejor responden a su evaluación.
  • Asesoría en el análisis y validación experimental de secuenciación: Acompañamiento post-secuenciación para el análisis e interpretación de los resultados y definición de métodos para su validación experimental (p. ej. confirmación de genes diferencialmente expresados por qPCR).

Precio: 260.000 COP/h (aprox. 75 €/h) de videollamada. El caso se estudia antes, sin cargo, buscando llegar a la sesión con las recomendaciones ya preparadas.

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Próximamente

Estos servicios pueden solicitarse a pedido a través de contacto.

Términos y condiciones

Confidencialidad y manejo de datos

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Contacto

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