Identificación y detección molecular de patógenos
Identificación y detección molecular de patógenos vegetales para laboratorios de sanidad vegetal, departamentos de I+D y productores agrícolas que necesitan confirmar la presencia de un patógeno antes de tratar, rechazar un lote o liberar un envío.
Servicios complementarios (a pedido)
Los análisis empleados ya se han aplicado desarrollando un método de qPCR para cuantificar en campo las esporas de la moniliasis del cacao en Colombia, donde no existía uno previo (Journal of Fungi, 2023).
Nota: con los servicios contratados obtendrá un reporte final que consolida los resultados y los métodos empleados.
Para más detalle ver Términos y condiciones.
Identificación Taxonómica de Patógenos
Asignación taxonómica de aislados a partir de las secuencias Sanger
de marcadores moleculares.
Usted aporta:
- Secuencias Sanger de marcadores estándar: 16S rRNA (bacterias), ITS (hongos y oomicetos), TEF1-α (hongos), cox1 (oomicetos), o amplicón de RT-PCR específico de algún grupo de virus o viroides (.ab1 o FASTA).
Nota: La secuenciación no está incluida; las secuencias las genera su laboratorio o uno aliado.
Usted recibe:
- Asignación taxonómica con porcentaje de identidad (TSV).
- Árbol filogenético, si aplica (Newick/imagen).
- Reporte consolidado (PDF).
Tiempo de entrega: se confirma en la cotización, tras revisar el caso.
Método y herramientas
- Control de calidad de cromatogramas, consenso forward/reverse y asignación
taxonómica —
sangeranalyseR;BLASTlocal contra bases curadas (UNITE e ITS RefSeq Fungi para ITS en hongos; SILVA/NCBI para 16S en bacterias) - Virus y viroides: identidad contra RefSeq viral (NCBI Virus) e
interpretación según los criterios de demarcación del ICTV —
BLAST,SDT - Confirmación filogenética (opcional) —
MAFFT,IQ-TREE
Precio: desde 360.000 COP (aprox. 105 €) por aislado; 270.000 COP (aprox. 80 €) por aislado a partir de tres.
Desarrollo de Protocolos de Detección por PCR y qPCR
Desarrollo de métodos para la detección y/o cuantificación de patógenos
por PCR y/o qPCR —RT-PCR/RT-qPCR para virus y viroides de RNA— con los
criterios MIQE/EPPO PM 7/98 (en el caso de qPCR).
Usted aporta:
- El nombre del patógeno: hongo, oomiceto, bacteria, virus o viroide (especie o género).
- El tipo de muestra: tejido del hospedero, semilla, suelo o agua.
Usted recibe:
- Secuencias de primers listas para síntesis (TSV).
- Reporte de especificidad in silico (TSV/PDF).
- Protocolo propuesto con plan de validación (PDF).
- Reporte de desempeño del ensayo validado (PDF).
Método y herramientas
- Selección de la región diana a partir de secuencias públicas —
BLAST,MAFFT - Diseño de primers para PCR convencional o qPCR —
Primer3 - Verificación de especificidad in silico frente a hospedero y
organismos cercanos, dímeros y PCR virtual —
Primer-BLAST,MFEprimer - Definición del protocolo y del plan de validación — condiciones y controles
- Análisis de los datos de validación — eficiencia, linealidad y límite de
detección (
R)
Nota: La parte experimental (síntesis de oligos y corridas de PCR/qPCR) no está incluida. Si ya cuenta con primers propios, el servicio puede empezar directamente en la definición del protocolo, previa verificación in silico de los oligos.
Precio y tiempos de entrega: los costes y tiempos de entrega se evalúan caso a caso.
Servicios complementarios
Servicios adicionales que pueden pedirse de manera independiente o como complemento de los anteriores.
Asesorías
Acompañamiento en diagnóstico e identificación molecular de patógenos.
- Asesoría en diagnóstico molecular: Acompañamiento para definir los alcances (objetivos y limitaciones, como los niveles de confianza) y criterios técnicos (técnica molecular (PCR, qPCR, RT-PCR, etc.), tipo y tamaño de muestra, controles) que mejor responden a su necesidad de diagnóstico.
- Asesoría en identificación molecular de patógenos de planta: Acompañamiento para definir los alcances (objetivos y limitaciones, como los falsos positivos y negativos) y criterios técnicos (técnica molecular (PCR, qPCR, RT-PCR, etc.), marcador molecular, tipo, técnica y momento de muestreo, controles) que mejor responden a su necesidad de identificación.
Precio: 260.000 COP/h (aprox. 75 €/h) de videollamada. El caso se estudia antes, sin cargo, buscando llegar a la sesión con las recomendaciones ya preparadas.
Próximamente
- Identificación Taxonómica a partir de Genomas
- Diseño Avanzado de Primers y Sondas TaqMan
Estos servicios pueden solicitarse a pedido a través de contacto.
Términos y condiciones
- Los servicios no incluyen la secuenciación Sanger, la síntesis de oligos o las corridas de PCR/qPCR, todas estas son realizadas por el cliente.
- El cobro es por proyecto, tras contactarnos usted recibirá el presupuesto formal en 48 horas.
- Los tiempos de entrega varían según el número de muestras o dependiendo del alcance del servicio.
- Todo servicio incluye su reporte final que incluye visualizaciones (PDF) y un reporte consolidado (PDF) con los resultados, los métodos, las herramientas y bases de datos empleadas durante el análisis.
- El protocolo, los primers y los resultados son de su propiedad y puede publicarlos sin restricción por nuestra parte (sin mencionarnos).
- La transferencia de archivos se realiza por un canal seguro acordado, como archivos comprimidos y cifrados (AES-256) con la contraseña compartida por un medio distinto — nunca por correo electrónico.
Confidencialidad y manejo de datos
- Los datos y resultados son confidenciales, no se comparten con terceros, con posibilidad de firmar un NDA antes de empezar de ser requerido.
- Los datos se usan solo para el análisis contratado; nunca para investigación propia ni publicaciones sin el permiso escrito del cliente.
- El procesamiento se hace en nuestros ordenadores, con disco cifrado. Excepción: para verificar la especificidad de los primers usamos BLAST de NCBI (servicio público en línea), donde se consultan las secuencias de los primers y de la región diana. Si su proyecto no lo permite, avísenos antes de empezar.
- Los datos crudos se borran a los 90 días de la entrega y los resultados a los 6 meses. Estos pueden ser borrados con anterioridad bajo petición y la eliminación se confirma por escrito.